La commune doit son nom, "KLOUÉKANMÈ" ou "KLUIKANME" à la plante, un arbuste à fleurs jaunes de la famille des Fabacées, appelée "EKLUI" en Adja, "KLOUEKOUN" en Fon et "POIS D’ANGOLE" en Français. Par rapport à la toponymie, "KLUIKANME" ou "KLOUÉKANMÈ" signifie "dans le champ de pois d’angole", l’une des cultures vivrières de Klouékanmè.
D’après l’histoire, la fondation de Klouékanmè remonte XIXème siècle. A l’époque, Klouékanmè était un village, une zone de forte production agricole et le domaine qui servait de lieu d’échanges commerciaux appartenait au vieux Dandji YAODE qui l’avait ensuite laissé à son fils Homèdoké dit "Koutomassé". Ce domaine serait l’actuel site de la mission Catholique de Klouékanmè sur la voie de Zouvou. Homèdoké allait acheter du sel à Abomey qu’il revenait vendre aux populations de son village et des hameaux environnants.
Dans le temps, certains habitants originaires d’Abomey dont TOKPON, GOUFLE, AGBOTAN Amadjivo et bien d’autres venaient à Klouékanmè, soit pour des raisons de chasse, soit en mission pour le Roi en vue de parer aux attaques éventuelles des ennemis du royaume de Danhomè, soit encore à la recherche de terre cultivable. Vu que les peuples d’Abomey et ceux de Klouékanmè ont une même origine, TADO au TOGO et tenant compte des relations d’amitié entre les rois d’Abomey et la famille Dandji de Klouékanmè, le vieux Homèdoké a, de ce fait, commencé par héberger son ami Agbotan. Chemin faisant, Agbotan a commencé par s’occuper de la vente du sel, de la moutarde, du vin de palme et des gibiers ramenés par Homèdoké qui était son ami et hôte.
Compte tenu du fait que les visites des acheteurs devenaient de plus en plus fréquentes,
Homèdoké a, alors, demandé à son ami Agbotan d’aller aménager une
partie de son champ de pois d’angole (Cajanus cajan) qui serait situé vers l’actuel
Malomè afin qu’il puisse mieux accueillir ses clients. Dès lors, Agbotan s’exécuta et alla installer sa concession à l’endroit indiqué par Homèdoké.
Pour se rendre dans ce nouveau lieu d’échanges, les populations disaient « Agbotanhoué » ou « Kluikanmè » ;
ce qui signifie respectivement « chez Agbotan », « dans le champ du pois d’angole » ; d’où l’essence même
du nom que porte la Commune aujourd’hui. Progressivement, la poussée démographique et l’extension des
activités a fait de Klouékanmè, une grande unité administrative qui était rattachée à Aplahoué. C’est en
1965 que la Sous-Préfecture de Klouékanmè a été créée. Avec le temps et les différents régimes politiques,
les dénominations ont varié pour donner soit « district », soit « sous-préfecture ». A l’avènement de
la décentralisation, la circonscription a pris le nom de « Commune ». Elle compte huit (08) arrondissements à savoir:
• Adjahonmè,
• Ahogbeya,
• Ayahohoué,
• Djotto,
• Hondjin,
• Klouékanmè,
• Lanta
• Tchikpé.